Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer llamada Saya Minatsuki que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo. Saya es asesinada por Creed, quien la llama bruja, pues hizo que Train dejara de ser un asesino. Al poco tiempo abandona Chronos. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la nanotecnología y creada artificialmente. Tiempo después Train se entera de que Creed está formando una alianza conocida como "Apostoles de las estrellas" cuyo objetivo es derrocar a Chronos. En ese momento decide ir tras Creed como un caza-recompensas y no como asesino.
CAZA-RECOMPENZAS :
Train Heartnet: (Aparece en el primer episodio)también conocido como "Black Cat" era el miembro número XIII de la organización Cronos, según el manga él tenía 21 años cuando conoció a Saya ahora se dice que tiene 23 años, famoso por no tener piedad con sus enemigos, salvo si eran mujeres o niños, y no fallar nunca. Pero luego se da cuenta que quiere ser libre, gracias a una mujer caza-recompensas de Nombre Saya MInatsuki. Train abandona la organización, después de la muerte de Saya convirtiéndose en caza-recompensas. Aunque en principio tiene un carácter serio y frío, tras unirse a Sven y Eve su personalidad cambia a todo lo contrario. Tiene una pistola de "oricalcum" llamada Hades. En el manga, es distinto, se revela que después de la muerte de Saya, Train se vuelve caza-recompensas y trabajaba solo, de paso en una ciudad, en donde se encontraba Sven, pierde el conocimiento por falta de alimento.En ese momento, se relaciona con Sven y se vuelven compañeros. Train pierde a sus padres cuando el era muy pequeño, pues fueron asesinados por Zagine Axeloake, este cuido de Train en un cierto sentido. Zagine fue quien le enseño a Train "el arte de matar". Tanto en el anime como en el manga, se desconoce la razón por la cual asesinaron a sus padres. Según Train, más que "estar enamorado de Saya" él solo la veía como su mejor amiga y en realidad solo "enamoró del camino de como vivía su vida", aunque en diversas ocasiones es evidente que si estaba enamorado de ella. Fue inyectado por una bala que contenía nano-máquinas llamadas "Lucifer" por el doctor tras proteger a Kyoko (en el manga fue para proteger a Sven, al cual le había disparado Creed). Train fue cambiado a una edad de niño (se calcula 10), pero al poco tiempo regresó a la normalidad (en el manga fue gracias a la Dra. Tearju). Igualmente en el manga, después de que volvió a la normalidad, obtuvo un poder que llamo "Rail Gun", siendo este un ataque basado en la electricidad.
Saya Minatsuki: (Aparece al final del primer episodio) es una Caza-recompensas que siempre viste un kimono y a la que le encanta beber leche, tenia 19 años cuando conoció a Train. Es muy alegre e inocente y su trabajo no le pega con su carácter. Suele rondar por los tejados, donde canta, atrayendo así la curiosidad de Train. Cuando Train conoce a Saya, es ella quien le influye la idea de dejar de ser un asesino y cambia radicalmente su mentalidad. Desafortunadamente, es asesinada por Creed Diskenth al considerarla una bruja que tendió un hechizo sobre Train que le hizo cambiar del asesino ideal a una persona totalmente diferente. En el manga, Saya es igualmente asesinada por Creed, sin embargo, ella le pide a Train antes de morir que estaba bien olvidarla y que continuara su camino; lo cual dejo claro que él viviera su vida independientemente de lo que pasara. En el último volumen, se rebela que ella no tenía memomias después de los 10 años, aparentemente fue abusada por sus padres y no recuerda nada, lo último que recuerda es que ella despierta en el hospital. Esto ella se lo cuenta a Train.
Sven Vollfied: (Aparece en el primer episodio)es un caza-recompensas de segunda que siempre está sin dinero y cuyo lema en la vida es ser un caballero siendo un personaje bastante humorístico. Es más viejo que los demás personajes y lo sacan de sus casillas cuando alguien le llama viejo. Su ojo derecho está tapado por un parche ya que con ese ojo obtiene una habilidad que le permite ver el futuro, llamado "ojo de visión" (vision eye). Su arma es un maletín que siempre lleva consigo y que contiene todo tipo de armas y artefactos extraños.En el manga conoce a Train en una ciudad. Antes de la batalla final con Creed, Sven le pide a Rins que lo ayude a que su ojo de vision durase mas.
Eve: tiene el aspecto de una niña de aproximadamente 11 años pero en realidad se trata de un arma biológica creada mediante Nanotecnología por un traficante de armas llamado Torneo. Su creadora fue la Dra. Tearju.En realidad es un clon de ella, pues fue creada a partir de sus células. Al principio parece no tener sentimientos pero esto cambia una vez que Sven empieza a cuidar de ella. En el manga es un poco más expresiva, conoce a Sven (ya cuando el y Train eran compañeros)durante una misión el cual ellos dos habían hecho con Rinselt. Es atacada por Durham Glaster en el volumen 6 dañándola gravemente. Pero gracias a sus Nano-máquinas logra aliviarse. Sven preocupado por su seguridad decide dejalrla con Annett, pero solo por poco tiempo.En el episodio 21 Sven le dice que debe estudiar en la misma escuela de Kyoko Kirisaki, él buscará la forma de pagar la colegiatura. Eve se niega, se enoja de que Sven no comprenda sus sentimientos. Al final Eve elige quedarse con Sven, despidiéndose de la Dra. Tearju Lunatique. Ahora, el pelo de Eve es corto, un indició de que ha aceptado ir a la escuela... 
Rinslet Walker: es una ladrona que de vez en cuando viaja con Sven y su grupo. Conoció a Sven cuando manipuló a este para conseguir a Eve, diciéndole que era su hermana raptada por Torneo y vender la información de la nanotecnología a los militares. Es bastante ambiciosa, de carácter fuerte, y adora ser atractiva. Al parecer está enamorada de Jenos.
River Zastory: Aparece tanto en el manga como en el anime. En el anime, no tiene tanta importancia. El forma parte de la alianza de los Caza-remcompenzas que van tras Creed. En el manga, tiene un papel más importante. Reta a Train a un duelo, para medir su fuerza, pues de entera que él es Black cat. La técnica que el utiliza se llama "Grabell Commando". 
La historia comienza con Aono Tsukune, un chico de 15 años que asiste a la secundaria. Tsukune no obtuvo buenas calificaciones y se había resignado a repetir el año escolar. Al llegar a casa su mamá le entrega un extraño sobre. Según su padre, el sobre fue dejado por un misterioso sacerdote quien, casualmente, lo dejó caer mientras éste caminaba por la calle. De este modo Tsukune es inscrito para estudiar durante el verano en la Academia Youkai, un establecimiento distante para el cual, al parecer, sólo existe un bus escolar. De camino a la Academia el conductor del bus advierte a Tsukune que Youkai no es un lugar común. Para acceder a la Academia se debe atravesar un extraño 
Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió y decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa que ha existido: el Hiten Mitsurugi Ryū, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Hiko Seijūro, que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba donde tres hermanas lo adoptaron como hermano menor. Esta técnica, aunque mortal, permite un control perfecto de la fuerza que se aplica al ejecutar los movimientos y puede ser utilizada con la espada que Kenshin porta, con el filo invertido, desde el inicio de la Restauración.
De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ryū. También conoce a Sanosuke Sagara, a Yahiko Myōjin y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia. Además, el verdadero nombre del protagonista es Shinta y Kenshin significa corazón de la espada, este último le fue dado por Seijuro que consideraba "Shinta" un nombre nada apropiado para un guerrero.
Después de tres meses viviendo en el dojo, Kenshin descubre que su sucesor, el asesino Makoto Shishio, planea conquistar Japón destruyendo el gobierno Meiji, empezando por Kioto. Sintiend
Cuando Kenshin y sus amigos vuelven a Tokio, estos se encuentran a Yukishiro Enishi, que planea vengarse por la muerte de su hermana. Aquí se revela que durante el Bakumatsu, Kenshin se había casado con una mujer llamada Yukishiro Tomoe, que inicialmente quería vengarse de Kenshin por matar a su prometido, aunque finalmente se enamoraron. Sin embargo, Tomoe formaba parte de un grupo de asesinos que querían matar a Kenshin y cuando este se entera se enfrenta a ellos. Después de matar a casi todos en el último instante Tomoe salva la vida de Kenshin de un ataque fatal y este al matar a su enemigo atraviesa a Tomoe, que muere en sus manos. Enishi rapta a Kaoru, que le parece a hermana para vengarse por Kenshin aunque al final comprende lo que realmente pasó.
